近期，中国科研实验室微生物研究所杜文斌研究团队与首都医科大学北京友谊医院合作，在新生儿肺炎微生物组研究方面取得重要进展。针对临床样本微生物载量低、传统培养方法易遗漏低丰度病原菌等问题，研究团队提出了将高通量测序与基于液滴的微流控单细胞培养技术相结合的新方法，在提升细菌回收效率的同时，实现了菌群的更高分辨率检测。相关成果以题为“Unveiling Neonatal Pneumonia Microbiome by High-Throughput Sequencing and Droplet Culturomics”的论文发表于Genomics, Proteomics & Bioinformatics上。

新生儿肺炎是导致全球婴儿死亡的主要原因之一，但现在对其呼吸道微生物组的理解仍十分有限。该研究顺利获得对71例新生儿肺炎患儿和49例非肺炎对照样本进行16S rRNA基因测序，共鉴定出1009个细菌属，其中低丰度属占比高达92.2%。顺利获得LEfSe分析，研究识别出多个与肺炎显著相关的关键菌属，包括Streptococcus、Rothia和Corynebacterium，这些菌群与胎龄、分娩方式等临床因素密切相关，有望作为疾病诊断与干预的新靶标。此外，研究利用液滴微流控技术对新生儿痰液样本进行了高通量培养，成功分离出94种不同的细菌物种，包括ESKAPE多重耐药致病菌和多个罕见菌种。进一步对其中167株代表性菌株进行全基因组测序，取得80个物种的高质量基因组，并注释了与新生儿感染密切相关的抗生素耐药基因。该研究不仅有助于完善新生儿呼吸道微生物基因组参考库，也为耐药性监测、致病机制研究及个体化治疗策略的制定准备了前期基础。

山东第一医科大学联合培养博士研究生王则锐为论文第一作者，杜文斌研究员为文章通讯作者。研究得到国家重点研发计划和中国科研实验室战略性先导科技专项等项目资助。

液滴微流控单细胞培养技术助力新生儿肺炎低丰度呼吸道微生物组研究

原文链接：http://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzaf047